Bir şekilde masaüstümün kaybolmasına ve Masaüstü'ünde kullanıcı dizinimin içindeki dizin/dosyaların gözükmesine neden oldum. Çözüm için biraz araştırdıktan sonra şunları buldum.

Öncelikle Alt+F2 ile gconf-editor adlı uygulamanın açılması gerekiyor.
apps > natilius > preferences yolunu takip ederek açılan ekrana gidin. Buradaki desktop_is_home_dir ayarının False (yani Yanlış) olduğundan emin olun. Fareyi ayarın üzerinde çift tıklayarak ayarın değerini görebilirsiniz.

Eğer bu ayar değişikliği işinizi görmüyorsa ikinci seçenek de kullanıcı dizininiz içerisinde yer alan .config/user-dirs.dirs dosyasını düzenlemek. Sevdiğiniz bir metin editörü ile bu dosyayı açın. Dosyanın içeriği aşağıdaki gibi.

Eğer sorununu masaüstü dizininizi silmenizden kaynaklanıyorsa, tekrar bir masaüstü dizini yaratıp aşağıda da görülen dosya içeriğinde ilgili ayarın yanına yazmak. Yani XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/masaüstü" satırını düzenleyerek masaüstü dizininizin neresi olduğunu belirliyorsunuz. Bu dosya içerisinde yapacağınız ayarlarla diğer dizinlerinizin de ne olacar tanınacağını belirleyebiliryosunuz. Mesala, belgeler, videolar, indirilenler dizinlerini öntanımlı ayarlardan farklı dizinler olarak belirleyebilirsiniz.

Bu dosya içerisinde yaptığınız değişikliklerin uygulanması için işletim sistemini kapatıp açmanız gerekiyor.

# This file is written by xdg-user-dirs-update
# If you want to change or add directories, just edit the line you're
# interested in. All local changes will be retained on the next run
# Format is XDG_xxx_DIR="$HOME/yyy", where yyy is a shell-escaped
# homedir-relative path, or XDG_xxx_DIR="/yyy/index.html", where /yyy is an
# absolute path. No other format is supported.
# 
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/masaüstü"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/indirilenler"
XDG_TEMPLATES_DIR="/forum/diC49Fer_daC49FC4B1tC4B1mlar/ubuntuda_kaybolan_masaC3BCstC3BCnC3BC_geri_getirmek/HOME/index.html"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="/forum/diC49Fer_daC49FC4B1tC4B1mlar/ubuntuda_kaybolan_masaC3BCstC3BCnC3BC_geri_getirmek/HOME/index.html"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/belgeler"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/müzik"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/resimler"
XDG_VIDEOS_DIR="/forum/diC49Fer_daC49FC4B1tC4B1mlar/ubuntuda_kaybolan_masaC3BCstC3BCnC3BC_geri_getirmek/HOME/index.html"